Deux ruisseaux principaux traversent Rustiques : le ruisseau de la Chapelle et le ruisseau de la Pège.

D’importantes inondations ont touché le village en 1930 et en 1940, obligeant les municipalités précédentes à rehausser le pont proche de la Mairie, sur la route départementale 206. Les repères de crue sont visibles sur ce pont au centre du village.

La crue de 1987 - 200 mm en une demi-heure - et surtout celle de 1999 - 33 morts dans le département de l’Aude - ont entrainé une prise de décision des élus pour se protéger.

Afin de lutter efficacement contre les inondations à l’échelle du bassin versant hydrographique, il a été décidé d’aménager en amont du village un bassin de retenue d’eau d’une capacité de 40 000 m3. Cette réalisation a vu le jour en 2009.

Celle-ci a contenu le ruisseau de la Chapelle lors des violents orages de novembre 2010 et d'octobre 2018.

S’il est important de garder à l’esprit que le risque zéro n’existe pas, on peut dire que grâce à cette réalisation, il a été réduit.